親から相続した古い家を売りたいけれど、「空き家の3,000万円特例を使うには耐震基準適合証明書が必要らしい」と聞いて、何から手をつければいいか分からない方は多いのではないでしょうか。耐震改修が必要なのか、それとも取り壊して更地にすれば証明書は不要なのか、そもそも証明書はどこで取得できるのか、疑問は次々と出てきます。この記事では、国税庁・国土交通省の公式情報をもとに、空き家特例と耐震基準適合証明書の関係を基礎から整理します。証明書が必要になるケースとそうでないケース、申請に必要な書類、注意すべき落とし穴まで、順を追って解説しますので、ぜひ最後まで読み進めてください。
空き家特例の基本と「耐震基準」が登場する理由
まず押さえておきたいのは、空き家特例（被相続人の居住用財産を売ったときの特例）の全体像です。国税庁の情報（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm）によると、この特例は平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に対象の空き家を売却した場合、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度です。ただし、売却代金が1億円以下であることや、相続開始日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ることなど、複数の要件を同時に満たす必要があります。
対象となる家屋には厳格な条件があります。相続開始直前に被相続人が住んでいた家屋であること、昭和56年5月31日以前に建築されていること、区分所有建物登記がされていないこと、被相続人以外に居住者がいなかったことの3要件をすべて満たす必要があります。昭和56年5月31日以前という基準は、いわゆる「旧耐震基準」で建てられた建物を指しており、ここに耐震基準が深く関わってきます。旧耐震基準の建物は現行の耐震基準を満たしていないことが多く、そのまま売ると特例が使えない場合があるため、耐震基準適合証明書の取得が重要な意味を持つのです。
耐震改修して売る場合に必要な書類と2つのルート
家屋をそのままの状態で売る場合、譲渡の時点で耐震基準を満たしていることが特例適用の条件になります（国税庁 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm）。この「通常ルート」では、相続から譲渡まで家屋・敷地が事業用・貸付用・居住用に供されていないことに加え、譲渡時点での耐震基準適合が求められます。
重要なのは、必ずしも耐震リフォームを新たに実施しなくてもよい点です。国税庁の質疑応答事例（https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/joto/18/23.htm）によると、「譲渡の時」において既に耐震基準を満たしていれば、改めて耐震リフォームを行う必要はないとされています。ただし、その証明として提出する耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写しは、譲渡日前2年以内に調査・評価が終了しているものに限られます。つまり、物件によっては現況調査だけで証明書が取得でき、大規模な工事なしに特例を使える可能性があります。
令和6年1月1日以後の譲渡では、「拡充ルート」も選択できます。これは、譲渡後から翌年2月15日までに耐震改修工事を完了させることで特例を適用できる仕組みです（国土交通省 https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000030.html）。売却後に買主が耐震改修を行うケースを想定した制度ですが、注意点があります。国土交通省の資料（https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001715180.pdf）では、「当該期間中に耐震改修工事の実施が必須」と明記されており、証明書だけを発行しても工事を実施していなければ拡充ルートは使えません。また、拡充ルートでは譲渡後に買主の協力が不可欠なため、売買契約時に特例に関する特約を盛り込んでおくことが実務上の重要なポイントになります。
確定申告時に必要な書類としては、国土交通省の資料（https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001715180.pdf）に以下が示されています。家屋所在地の市区町村長が交付する「被相続人居住用家屋等確認書」に加え、家屋を譲渡する場合は耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書のコピーが必要です。拡充ルートの市区町村申請（様式1-3）では、さらに売買契約書等の特約部分、工事請負契約書のコピー、工事費用の請求書や領収書等も確認資料として求められます。
取り壊して更地で売る場合との違い
取り壊して更地にしてから売る場合は、耐震基準適合証明書は不要です。これが、耐震改修ルートとの最大の違いといえます。国税庁の情報（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm）では、家屋を取り壊した後に敷地のみを売る場合も特例の対象となることが示されており、その際は耐震基準に関する要件は問われません。
ただし、更地売却にも独自の条件があります。相続から譲渡まで家屋・敷地が事業用・貸付用・居住用に供されていないこと、そして家屋の取壊し等が譲渡の時まで（または拡充ルートでは翌年2月15日まで）に完了していることが必要です。取り壊し費用は一般的に数十万円から数百万円程度かかることが多く、費用対効果の観点から耐震改修ルートと比較検討することが大切です。また、更地にすることで固定資産税の軽減措置が外れる場合があるため、売却のタイミングも慎重に考える必要があります。
耐震改修か取り壊しかの選択は、物件の状態・改修費用・売却価格・買主のニーズを総合的に判断して決めることが重要です。旧耐震基準の建物でも現況が比較的良好であれば、現況調査で既に耐震基準を満たしていると判定される場合もあります。一方、老朽化が著しく改修費用が高額になる見込みであれば、更地売却のほうが合理的な選択になることもあります。どちらのルートが有利かは個別事情によりますので、早めに建築士や税理士に相談することをお勧めします。
証明書の取得先と費用・期間の目安
耐震基準適合証明書は、建築士、指定確認検査機関、登録住宅性能評価機関、住宅瑕疵担保責任保険法人等が発行する書類です（国土交通省告示 https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001632833.pdf）。国土交通省は2026年4月現在の「耐震基準適合証明書 発行機関一覧」を公表しており（https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000054.html）、登録住宅性能評価機関への相談先確認に活用できます。具体的な発行・交付手続きについては、各発行主体に問い合わせるよう国土交通省の資料（https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001887903.pdf）でも案内されています。
費用や期間については、発行主体や物件の状態・規模によって大きく異なるため、全国共通の固定値を示すことができません。一般的には、現地調査費と証明書発行手数料を合わせて数万円から十数万円程度かかるケースが多いとされていますが、物件の状況によっては追加調査が必要になることもあります。期間についても、調査の予約状況や書類の準備状況によって数週間から数か月かかる場合があります。いずれも個別事情によりますので、早めに発行機関へ問い合わせることが大切です。
国土交通省の資料（https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001715180.pdf）でも、「必要書類の一部は譲渡後に入手しにくいものもあるため、特例適用の検討段階において早めにご準備ください」と注意喚起されています。売却を決めてから動き始めると、証明書の取得が間に合わなかったり、拡充ルートの期限（翌年2月15日）を過ぎてしまったりするリスクがあります。相続が発生した段階で、早めに専門家へ相談することが特例を確実に活用するための第一歩です。
見落としがちな注意点と申請の流れ
特例を申請する際に見落としやすいポイントがいくつかあります。まず、売却代金の1億円以下という要件は、分割して売却した部分や他の相続人が売却した部分も合算して判定されます（国税庁 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm）。いったん特例の適用を受けた後でも、合計額が1億円を超えた場合は売却日から4か月以内に修正申告と納税が必要になるため、複数の相続人がいる場合は特に注意が必要です。
また、令和6年1月1日以後の譲渡で相続人が3人以上の場合、控除上限は3,000万円ではなく2,000万円に引き下げられます。さらに、相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例や収用等の場合の特別控除など、他の一定の特例と重ねて使うことはできません。複数の特例が使えそうな場合は、どの特例が最も有利かを税理士と一緒に検討することをお勧めします。
申請の大まかな流れとしては、まず家屋所在地の市区町村に「被相続人居住用家屋等確認書」の交付を申請し、並行して耐震基準適合証明書の取得手続きを進めます。確認書の発行は家屋が所在する市区町村で行われ（船橋市の案内 https://www.city.funabashi.lg.jp/machi/juutaku/009/p048643.html）、制度の詳細や特例要件については国土交通省ホームページまたは最寄りの税務署に確認するよう案内されています。これらの書類を揃えた上で、確定申告書に添付して提出する流れになります。
まとめ
空き家特例と耐震基準適合証明書の関係を整理すると、家屋をそのまま売る場合は譲渡時点での耐震基準適合が必要であり、令和6年以降は譲渡後に耐震改修を完了させる拡充ルートも選択できます。一方、取り壊して更地で売る場合は証明書が不要ですが、取り壊し費用や固定資産税の変動も考慮した判断が必要です。証明書の取得は早めに動くことが肝心で、費用や期間は発行機関によって異なるため、まずは国土交通省の発行機関一覧を参考に問い合わせてみましょう。制度の要件は複雑なため、建築士・税理士・税務署への早期相談が、特例を確実に活用するための最善策です。最新の要件は必ず国税庁・国土交通省の公式サイトでご確認ください。
参考文献・出典
- 国税庁 — No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm
- 国税庁 — 相続時に地震に対する安全性に係る規定等を満たしている場合（質疑応答事例） https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/joto/18/23.htm
- 国土交通省 — 空き家の発生を抑制するための特例措置（空き家の譲渡所得の3,000万円特別控除） https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000030.html
- 国土交通省 — 制度の詳細（令和6年1月1日以降の譲渡）PDF https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001715180.pdf
- 国土交通省 — 平成21年国土交通省告示第685号（耐震基準に適合する旨を証する書類について）PDF https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001632833.pdf
- 国土交通省 — 住宅税制に関する各種証明書の発行業務を行っている登録住宅性能評価機関について（2026年4月現在） https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000054.html
- 国土交通省 — 各種証明書等についてPDF https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/content/001887903.pdf
- 船橋市（市区町村の確認書発行案内の例） — 被相続人居住用家屋等確認書の発行について https://www.city.funabashi.lg.jp/machi/juutaku/009/p048643.html
