3000万円特別控除の確定申告、5ステップで分かるやり方

マイホームを売ったあと、「確定申告って何をすればいいの？」と戸惑う方はとても多いです。特に50代以降の方は、給与天引きで税金を納めてきたため、自分で申告書を書いた経験がほとんどないケースがほとんどです。この記事では、3000万円特別控除という税金の特例を受けるための確定申告の手順を、初めての方でも迷わないよう順を追って説明します。どんな書類が必要か、どこで何を入力するか、そして「自分はそもそも対象になるのか」という判断基準まで、一通り読めば全体像がつかめるように構成しました。

3000万円特別控除とは何か、まず基本を押さえる

マイホームを売ると、買ったときより高く売れた場合に「譲渡所得（じょうとしょとく）」という利益が生じます。譲渡所得とは、売った金額から購入代金や売却にかかった費用を引いた残りのことです。この利益には本来、所得税と住民税がかかります。

ところが、マイホームの売却には特別な優遇があります。国税庁の情報（No.3302）によると、所有期間の長短に関係なく、譲渡所得から最高3000万円まで控除できる特例が設けられています。たとえば売却益が2500万円であれば、特例を使うことで課税対象がゼロになり、税金を払わずに済む計算になります。

ただし、この特例には大切な前提条件があります。利益がゼロで税額がかからない場合でも、確定申告をしなければ特例は適用されません（国税庁 No.3302）。「どうせ税金ゼロだから申告しなくていいか」と思って放置すると、後から税務署に指摘されて追徴課税になるリスクがあります。申告は必ず行ってください。

ここまでのまとめ: 3000万円特別控除は所有期間を問わず使えるが、必ず確定申告が必要です。

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自分は対象になるか、3つの確認ポイント

特例を使えるかどうかは、いくつかの条件で決まります。まず確認しておきたいのは、売った相手が誰かという点です。国税庁の情報（No.3302）によると、配偶者や親子など「特別の関係がある人」への売却は、この特例の対象外です。離婚後の元配偶者への売却も対象外になる場合があるため、注意が必要です。

次に確認したいのは、売却のタイミングです。すでに引っ越して住んでいない旧居を売る場合でも、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売れば、特例を使える可能性があります（国税庁 No.3314）。この期限を1日でも過ぎると特例は使えなくなるため、旧居を売り急がない方は特に注意が必要です。

また、店舗と自宅が一緒になった「店舗併用住宅」を売る場合は、原則として自分が住んでいた部分だけが対象です。ただし居住部分がおおむね90%以上であれば、建物全体を居住用として扱える場合があります（国税庁 No.3452）。個別の事情によって判断が変わるため、不安な方は税務署に相談することをおすすめします。

ここまでのまとめ: 親族への売却・引っ越し後3年超・店舗併用は特例が使えないか制限される場合があります。

確定申告に必要な書類を事前に集める

申告書を作る前に、必要な書類を手元に揃えておくとスムーズです。国税庁の情報（No.3102）によると、土地・建物の売却で申告する場合に最低限必要な書類は次の3点です。「所得税及び復興特別所得税の確定申告書」「申告書第三表（分離課税用）」「譲渡所得の内訳書（土地・建物用）」の3つです。

このうち「譲渡所得の内訳書」は、売却価格・購入代金・売却にかかった費用などを記入する計算シートです。国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。また、売却時の不動産売買契約書、購入時の売買契約書、仲介手数料の領収書なども手元に用意しておくと、内訳書を記入するときに役立ちます。

さらに、売却した物件の住所と申告時の住民票の住所が異なる場合は、「戸籍の附票の写し」などの書類も必要になります（国税庁 令和7年分チェックシート）。引っ越し後に旧居を売った方は、この点も忘れずに確認してください。

ここまでのまとめ: 内訳書・売買契約書・領収書を先に集めておくと、申告書作成がスムーズになります。

確定申告書の作り方、5つのステップ

申告書の作成は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）を使うのが最も簡単です。紙で書くより入力ミスが少なく、計算も自動で行われます。以下の順番で進めてください。

まず、作成コーナーにアクセスし、「申告する所得の選択等」の画面で「土地や建物等の譲渡（売却）」にチェックを入れます（国税庁 e-Tax FAQ）。次に、「収入・所得の入力」画面に進み、「土地建物等の譲渡所得」の入力を開始します。

内訳書をまだ作っていない場合は、「譲渡所得の内訳書作成」画面で「譲渡価額の内訳等」から順番に入力します。具体的には、①譲渡価額（売った金額）→②取得費（買ったときの金額）→③譲渡費用（売るためにかかった費用）→④特例の選択、という流れで進みます（国税庁 e-Tax FAQ）。すでに内訳書を手書きで作成済みの場合は、「既に譲渡所得の内訳書等を作成している（計算結果を入力する）」を選んで計算結果だけを入力できます（国税庁 e-Tax FAQ）。

取得費（買ったときの金額）が分からない場合は、売却金額の5%を概算取得費として使うことができます（国税庁 No.3258）。たとえば4000万円で売れた場合、取得費が不明なら200万円として計算できます。また、建物の取得費は購入代金から減価償却費相当額を差し引いた金額になるため、購入時の書類で建物と土地の内訳を確認しておくと正確に計算できます（国税庁 No.3258）。

譲渡費用（売るためにかかった費用）には、仲介手数料・売主負担の印紙税・建物の解体費用などが含まれます。一方で、修繕費や固定資産税は譲渡費用に含まれないため注意が必要です（国税庁 No.3255）。入力が終わったら、e-Taxで送信するか、印刷して税務署に持参します。e-Taxで送信する場合、別途必要な添付書類はPDF形式で提出することもできます（国税庁 令和7年分申告手引き）。

ここまでのまとめ: 作成コーナーで「土地建物の譲渡」を選び、売却額→取得費→費用→特例の順に入力します。

知っておきたい特例の組み合わせと注意点

3000万円特別控除は、ほかの特例と組み合わせることで、さらに節税効果が高まる場合があります。売った年の1月1日時点で所有期間が10年を超えるマイホームを売った場合は、3000万円特別控除と「軽減税率の特例」を重ねて使うことができます（国税庁 No.3305）。軽減税率の特例とは、通常より低い税率で課税される制度のことです。

一方で、注意が必要な組み合わせもあります。新しく購入した家で住宅ローン控除（住宅ローンを使ったときに税金が安くなる制度）を受けたい場合、新居への入居年・前年・前々年にこの3000万円特別控除を使っていると、住宅ローン控除が受けられなくなる場合があります（国税庁 No.3302）。住み替えをした方は、どちらの特例を優先するか慎重に検討する必要があります。

また、夫婦や兄弟で共有名義のマイホームを売った場合は、特例の適用は共有者ごとに判定します。共有者1人につき最高3000万円が控除でき、確定申告書も一人ひとりが別々に提出する必要があります（国税庁 No.3308）。「夫婦合わせて3000万円まで」ではないため、共有名義の方はこの点を特に覚えておいてください。

ここまでのまとめ: 10年超所有なら軽減税率と併用可、住み替えの場合は住宅ローン控除との関係を必ず確認してください。

まとめ

3000万円特別控除の確定申告は、正しい手順を知っていれば決して難しくありません。大切なのは、①自分が特例の対象かどうかを確認する、②必要書類を事前に集める、③売却した年の翌年2月16日から3月15日の申告期限を守る、という3点です（国税庁 No.3102）。申告書は国税庁の作成コーナーを使えば、画面の指示に従うだけで作成できます。

個別の事情（相続した家・店舗併用・共有名義など）がある場合は、一般論では判断しきれないケースもあります。不安な点があれば、国税庁の電話相談センター（0570-00-5901、譲渡所得の相談は番号「3」を選択）や、所轄の税務署の面接相談を活用してください（国税庁 相談案内）。書類や事実関係の確認が必要な場合は、事前予約のうえ税務署で直接相談するのが確実です。

ご自身の売却益がいくらになるか、取得費や譲渡費用を実際の数字で当てはめて確かめてみると、申告のイメージがぐっと具体的になります。

参考文献・出典

• 国税庁 No.3302 マイホームを売ったときの特例 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm
• 国税庁 No.3102 譲渡所得の申告期限 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3102.htm
• 国税庁 No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税） — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3202.htm
• 国税庁 No.3258 取得費が分からないとき — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3258.htm
• 国税庁 No.3255 譲渡費用となるもの — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3255.htm
• 国税庁 No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3305.htm
• 国税庁 No.3308 共有のマイホームを売ったとき — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3308.htm
• 国税庁 No.3314 過去に居住していたマイホームを売ったとき — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3314.htm
• 国税庁 No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm
• 国税庁 No.3320 マイホームを取り壊した後に敷地を売ったとき — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3320.htm
• 国税庁 e-Tax FAQ 土地建物等の譲渡所得の入力方法 — https://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/faq/nyuryoku/06.htm
• 国税庁 国税に関するご相談について — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/sodan/denwa-sodan/index.htm

監修 電宅男 宅地建物取引士 / MBA｜株式会社青山地所 営業部

一橋大学大学院MBA修了。大手デベロッパー法人部門、買取再販会社を経て現職。区分リノベ再販・都心事業用物件の買取再販を手がけ、業界7年の知見で記事を監修。

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